熊汝霖为水军提督，孙兆奎和吴易为总兵官。本来水军的建制也要学第一师的，但没有时间考虑那么多，慢慢来吧。
　　着急筹建海军，这是我保命的最后一着。
　　为了应对可能发生的南京保卫战，我主要做了三项工作，一是对南京城墙进行修缮，南京冬天基本在零上四度左右，还是可以施工的。第二是对长江及秦淮河进行了清理，保证中等战船进入。第三是对南京周边部队的整顿。除了朱大典和黄得功之外，就是守南京的二万人，分出五千人，成立警察大队，专门负责城内的治安、查访奸细等，由刘忠嗣为大队长。另外，最重要的是对南京周边非重要地区的部队进行集结，在浦口成立北大营进行集训。由陈子龙以兵